Вот таким простым циклом на bash можно сохранит dump всех баз данных доступный на mysql сервере

for d in $(echo show databases | mmysql | tail -n +2); do mmysqld $d | gzip > bacup/$d.sql.gz ; done

Разбор полётов

for d in $(echo show databases | mmysql | tail -n +2);# выбираем весь список баз, пропускаем первую строку
 do
 mmysqld $d > bacup/$d.sql # делам dump базы
 gzip bacup/$d.sql # архивируем файл
 done

Разумеется у mysqldump есть опция --all-databases, но она не особо удобна, так как позволяет выгружать данные в один файл и удобнее скорее при экспорте на другой сервер