Когда необходимо поработать сразу с несколькими базами SQLite, используя их в одном запросе, то приходится пошаманить и найти не самые хорошо задокументированные функции консольного клиента

Допустим вы работаете с текущей сессии с base.db и подключили её вот так:

$ sqlite3 base.db
SQLite version 3.8.2 2013-12-06 14:53:30
Enter ".help" for instructions
Enter SQL statements terminated with a ";"
sqlite>

проверяем подключенные базы и видим

sqlite> .database
seq  name             file                                                      
---  ---------------  ----------------------------------------------------------
0    main             /home/ffsdmad/Flask/base.db

подключем ещё одну и проверяем

sqlite> attach database 'base.dbbase.db' as b2;
sqlite> .database
seq  name             file                                                      
---  ---------------  ----------------------------------------------------------
0    main             /home/ffsdmad/Flask/base.db                  
2    b2               /home/ffsdmad/Flask/base.dbbase.db           
sqlite> select id, date from b2.pages;
1|2014-03-27
2|2014-03-27

вот так, теперь легко можно стряпать вставки из другой базы используя алиас